Szkoła Podstawowa nr 11 w Siedlcach została powołana na mocy Uchwały nr 11/9/24 Miejskiej Rady Narodowej z dnia 31 lipca 1984r.

Początkowo, od 1 września 1984r., zajmowała część pomieszczeń starego budynku Zespołu Szkół Zawodowych nr 1, „Elektryka”, przy ulicy Konarskiego 9. Do dyspozycji 490 uczniów z 16 oddziałów klas I – VIII i 42 dzieci z 2 grup przedszkolnych oddano osiem izb lekcyjnych i salę gimnastyczną oraz świetlicę i pracownię zajęć praktyczno – technicznych. Zatrudniono 22 nauczycieli w pełnym wymiarze godzin i 4 osoby na część etatu. Dyrektorem szkoły został Jan Lewczuk.

Budowę nowego gmachu szkoły rozpoczęto w 1984r. na działce pomiędzy ulicami: Wiśniową, Aleksandrowską, Czerwonego Krzyża i Prusa. Fundusze na ten cel władze oświatowe zapewniły dzięki staraniom Komitetu Rodzicielskiego Szkoły Podstawowej nr 11. Budowy podjęło się Siedleckie Przedsiębiorstwo Budownictwa Komunalnego..

Aby przyspieszyć tempo robót budowlanych, 1 marca 1985 r. na zebraniu rodziców zawiązał się Społeczny Komitet Budowy Szkoły przy ul. Wiśniowej. Komitet „z uwagi na trudności kadrowe wykonawcy” zwrócił się do rodziców z apelem o wsparcie przy budowie placówki. Ponad 50 procent rodziców zadeklarowało pomoc. Do końca roku przepracowali oni ok. 8,5 tys. roboczogodzin.

23 czerwca 1989 r. uroczystość zakończenia roku szkolnego odbyła się już w nowym – częściowo oddanym do użytku – budynku. Funkcję dyrektora pełniła Stefania Tuszyńska.

W kolejnym roku szkolnym zakończono budowę pawilonu klas młodszych. Ponadto oddano do użytku pomieszczenia sekretariatu, biblioteki i świetlicy. W roku szkolnym 1991/ 1992 zaczęły funkcjonować stołówka i sale gimnastyczne oraz szatnie i pokój nauczycielski. Budowa szkoły została zakończona.

Późnym latem 1993 roku rozpoczęto prace przy zagospodarowywaniu terenu wokół szkoły. Z pomocą Technikum Rolniczego, Wydziału Ochrony Środowiska Urzędu Wojewódzkiego oraz Nadleśnictwa Siedlce zasadzono 150 drzewek i krzewów oraz 400 m żywopłotu.

Rodzice dodatkowo wpłacali po 100 tys. złotych od każdego ucznia, aby jak najszybciej zakończyć budowę boiska sportowego.

Od 1 grudnia 1989 roku dyrektorem szkoły był Bogusław Kielak.

W roku szkolnym 1992/1993 szkoła liczyła 49 oddziałów ( w tym cztery „ zerówki”), uczyło się w niej 1337 uczniów, zatrudnionych było 76 nauczycieli.

Rodziły się cenne inicjatywy, tworzyła się tradycja.

W roku szkolnym 1991/1992 w „Jedenastce” – jako pierwszej placówce oświatowej w Siedlcach – rozpoczęła działalność Rada Szkoły.

14 listopada 1996 roku na posiedzeniu Rady Pedagogicznej zdecydowano, że szkoła będzie nosić imię Jana Pawła II. Uchwałę w tej sprawie podjęto 24 kwietnia 1997 r. podczas XXXIV Sesji Rady Miasta.

Uroczystość nadania imienia odbyła się 17 maja 1997 r., w przeddzień 77. urodzin Papieża.

Podczas uroczystej koncelebrowanej mszy świętej został poświęcony przez ks. biskupa Henryka Tomasika sztandar szkoły, a prezydent miasta, Henryk Gut, przekazał na ręce dyrektora szkoły, Bogusława Kielaka, Uchwałę Rady Miasta w sprawie nadania Szkole Podstawowej nr 11 w Siedlcach imienia Jana Pawła II.

Odsłonięto i poświęcono tablicę pamiątkową oraz dokonano otwarcia Sali Patrona, w której zgromadzono pamiątki związane z osobą papieża Polaka, m. in.: jego sutannę, pas, buty, stułę, notatnik, pióro i zegar. Obecnie w sali mieści się Muzeum Ojca Świętego Jana Pawła II.

W roku szkolnym 2002/2003 uczniowie włączyli się do akcji „Adopcja Serca”. Objęliśmy opieką 8-letnią sierotę z Rwandy – Olive Bampoyiki.

17 i 18 maja 2004r. gościliśmy uczniów polskiej szkoły na Białorusi. 18 maja 2004r. podpisano Umowę o współpracy Szkoły Podstawowej nr 11 im. Jana Pawła II w Siedlcach ze Szkołą Średnią nr 8 z Polskim Językiem Nauczania w Wołkowysku w ramach Programu Szkół Patronackich.

18 października 2004 r. przedstawiciele uczniów naszej szkoły złożyli wizytę na Białorusi. Uczestniczyli w obchodach 5-lecia istnienia Szkoły Polskiej w Wołkowysku, zwiedzili Grodno i Wołkowysk.

20 listopada 2008 r. w szkole odbyła się Inauguracja Rodziny Szkół im. Jana Pawła II Diecezji Siedleckiej. W uroczystości wzięli udział przedstawiciele 30 placówek oświatowych wraz z pocztami sztandarowymi. Honorowy patronat nad uroczystością objęli: Ordynariusz Diecezji Siedleckiej Ks. Biskup Zbigniew Kiernikowski i Prezydent Miasta Siedlce, Wojciech Kudelski.